In dieser Abteilung im Haus des Meeres werden Fische, Muscheln und Krebse aus heimischen Gewässern präsentiert. Hauptsächlich werden Arten gezeigt die in der Donau und ihren Nebengewässern im Wiener Raum vorkommen. Durch die besondere geographische Lage ist die Donau einer der artenreichsten Flüsse Europas. Im Bereich des Nationalparks Donau Auen, der auch einen Teil der Wiener Donau einschließt, gibt es über 60 Fischarten.

Fische wie die Barbe und Nase, zwei Vertreter der Karpfenfische, sind die Leitarten in der Donau bei Wien. Bei beiden Fischarten ist in den letzten Jahrzehnten ein massiver Rückgang festzustellen. Flusskraftwerke versperren die ehemaligen Wanderrouten zu den Laichplätzen. Durch Flussbegradigungen wurden fast alle flachen, strömungsberuhigten Uferzonen zerstört. Diese Bereiche sind für die Jungfische fast aller Donaufischarten unersetzlich. Eine überproportional hohe Sterblichkeit der Fischlarven ist die Folge. Früher waren Barben und Nasen so häufig, dass Sie tonnenweise gefangen und als Nahrung, Dünger und Schweinefutter verwendet wurden. Der klassische "Steckerlfisch" wurde früher hauptsächlich aus diesen zwei Arten zubereitet.

Seit einigen Jahren wurden und werden mit erheblichen Aufwand fischfreundliche Bereiche in der Donau und auch in anderen verbauten Flüssen geschaffen und Kraftwerke durch Umgehungsgerinne für Fische passierbar gemacht. Erste Erfolge konnten durch diese Aktivitäten bereits erzielt werden.

Fünf Störarten konnten früher in der österreichischen Donau nachgewiesen werden. Bis auf den Sterlet sind alle weiteren Arten in Österreich nicht mehr anzutreffen. Früher gab es ausgedehnte Laichwanderungen der Störe, die jährlich vom Schwarzen Meer die Donau stromauf bis nach Deutschland zogen. Bei Wien konnten von der größten Störart, dem Hausen Exemplare mit bis zu 9 Metern Länge gefangen werden. Der Bau des Kraftwerkes am so genannten Eisernen Tor in Rumänien (1959) unterbrach diese Jahrtausende alte Laichroute. Aber auch übermäßige Überfischung und vor allem die Kaviarproduktion haben den Stören so zugesetzt, dass alle Arten vom Aussterben bedroht sind. Der Sterlet bildet kleine Populationen in der Donau die aber kaum lebensfähig sind und nur durch Besatz aufrechterhalten werden können.

Die bedrohteste Fischart in Österreich ist der Hundsfisch. Das natürliche Verbreitungsgebiet dieses kleinen, höchstens 14cm großen Hechtverwandten reicht vom Schwarzen Meer bis östlich von Wien. Dort, mitten im Nationalpark Donau Auen konnte der Hundsfisch Anfang der 90er Jahre wieder entdeckt werden, nachdem er fast 20 Jahre lang in Österreich nicht mehr nachgewiesen wurde. Dieser Fisch lebt in sehr strukturreichen Gewässern. Er ist ein Lauerjäger der seine Beute, kleine Wasserlebewesen, durch eine plötzliche, ruckartige Vorwärtsbewegung erbeutet. In den Gewässern die von Hundsfischen bewohnt werden kann es immer wieder zu extrem niedrigen Sauerstoffkonzentrationen kommen. In solchen Phasen kann der Hundsfisch Luft von der Wasseroberfläche aufnehmen. Die Luft wird über die Schwimmblase, die bei diesen Fischen eine lungenähnliche Funktion erfüllt, dem Körper zugeführt. Dadurch können Hundsfische Gewässer besiedeln, die für andere Fischarten ungeeignet sind. Trotzdem ist dieser Fisch durch die Zerstörung seiner Lebensraume vom Aussterben bedroht. Das Haus des Meeres beteiligt sich seit zwei Jahren an einem Artenschutzprojekt für den Hundsfisch.

Von den Barschartigen Fischen gibt es acht Vertreter in Österreich. Zingel, Streber, Schrätzer und Donaukaulbarsch und der Wolgazander sind nur in der Donau und ihren Nebengewässern verbreitet. Der Flussbarsch, Kaulbarsch und Zander sind auch in anderen Gewässern Österreichs heimisch. Der Zander ist ein Raubfisch der über einen Meter lang werden kann. Er ist in trüben Gewässern ein sehr effizienter Jäger, da seine Augen wie Restlichtverstärker arbeiten und jede Bewegung registrieren. Das Männchen bewacht die Eier bis zum Schlupf der Fischlarven.

Beim Wels betreibt ebenfalls das Männchen Brutpflege. Welse können über drei Meter lang werden. Heute sind Exemplare mit dieser Länge kaum mehr anzutreffen. Sie bewohnen Gewässer mit geringer Strömung und schlammigen Grund. Dieser nachtaktive Räuber orientiert sich vor allem mit seinen langen Bartfäden, die dicht mit Geschmacksknospen besetzt und mit Nerven durchzogen sind. Neben Fischen erbeuten Sie verschiedenes Wassergeflügel. Dass Welse kleine Kinder fressen ist wohl eine Fabel, der eine oder andere kleine Hund ist aber schon nachweislich im Maul eines großen Welses verschwunden.

Über 20% der in Österreich lebenden Fischarten sind sogenannte Exoten. Diese Arten wurden aus unterschiedlichsten Gründen aus ihrem ursprünglichen Verbreitungsgebiet eingeführt und konnten sich in unseren Gewässern behaupten. Alle eingebürgerten Fische haben negative Auswirkungen auf die heimischen Arten. Die Regenbogenforelle z.B. wurde schon vor über 100 Jahren für die Speisefischproduktion und als Angelfisch eingeführt. Diese aus Nordamerika stammende Forellenart ist besonders für zwei heimische Fischarten, die Äsche und die Bachforelle eine große Konkurrenz. Fische sind ganz allgemein die bedrohtesten Wirbeltiere der Welt. Kraftwerkbauten, Regulierungsmaßnahmen, unkontrollierte Wasserentnahme, Gewässerverschmutzung und Überfischung sind dafür verantwortlich. Auch in Österreich sind 50% der Fischarten bedroht.